Nel corso del XVII secolo il Castello di Capiate divenne l'oggetto di aspre e lunghe battaglie legali. Il contenzioso ebbe origine dal matrimonio di Violante Spini con Ottavio Mornico. Dopo aver promesso una cospicua dote, Francesco (senior) Spini, padre della sposa, non tenne fede ai patti e pertanto il genero avviò una causa legale affinché gli fosse pagato quanto pattuito.

Morti gli attori iniziali, la lite proseguì coinvolgendo da un lato un nipote, unico erede maschio e omonimo di Francesco Spini; dall'altro, essendo deceduti anche Violante Spini e Ottavio Mornico, il fratello di quest'ultimo, Lelio.

La causa si protrasse più o meno dal 1625 al 1670, coinvolgendo molti altri soggetti oltre ai membri delle due famiglie. Tra l'altro, vi si inserirà anche il Regio Fisco, che vantava crediti tributari nei confronti di Francesco Spini. Alla fine, la proprietà passerà alla famiglia Mornico di Varenna.

I membri di questa famiglia erano ricchi possidenti e professionisti legati al governo spagnolo del Ducato di Milano. Possedevano, tra l'altro, la villa Monastero a Varenna, famosa già all'epoca per la sua bellezza e imponenza.

Nel XVIII secolo i fratelli Giovanni Battista e Lelio Mornico, sacerdoti milanesi, risistemarono ciò che rimaneva dell'antica basilica di San Nazaro, realizzando la chiesa di San Giuseppe, planimetricamente ed architettonicamente diversa e più grande dell'attuale chiesetta avente la medesima intitolazione.

La famiglia Mornico tenne l'ex Castello di Capiate, ormai trasformato in un'efficiente azienda agricola con annessa casa padronale chiamata "Villa la Torre", per quasi trecento anni, fino al 1901.